了解孔雀鱼的基因遗传，先从基因理论基础说起：
基因Genes理论
一、基因的种类
性染色体与限性、伴性基因
基因上的染色体主要可以归纳为两种，一是决定性别的染色体，基因代号：【X】【Y】，也就是性染色体；而除此之外的非性染色体就称为体染色体。体染色体的各对同源染色体一般都是同型的，而性染色体通常为异型。
目前所涉及的孔雀鱼理论研究均是建立在以下两种假设基础之上的：
1.孔雀鱼的性染色体与人类相同：【XY】型
2.体染色体上的基因有十多条以上（据说有23对以上）
限性基因：位于[Y]上的基因，只会在公鱼身上表现的基因。
伴性基因：带有母鱼【X】上的基因。
而不位于性染色体上的基因，则称为体染色体基因。
要改鱼的时候，首先需了解想要保存的表现位在哪条染色体上，否则做起来也是徒劳无功。
二、体染色体基因主要依照孟德尔三大法则所组成：
1.显性法则；子代只能表现亲鱼中单亲的特征，能表现的一方称为显性基因；不能表现的一方则称为隐性基因。
2.分离法则；孟德尔的分离定律：在生物的体细胞中，控制同一性状的遗传因子成对存在，不相融合；在形成配子时，成对的遗传因子发生分离，分离后的遗传因子分别进入不同的配子中，随配子遗传给后代的现象叫做孟德尔分离定律。简单说支配某一性状的一对基因在形成配子时，必定是一分为二，再与其它的配子结合。
3.独立法则。两对以上的相对基因在形成配子时，每对相对基因会各自独立分离，互不干扰。
孔雀鱼的基因遗传
限性遗传、伴性遗传和体染色体遗传。
1.限性遗传：又称为Y基因遗传。亲代的公鱼所带的Y染色体，只能遗传给子代的公鱼，而不会遗传给母鱼。如：蛇王、古老品系、金属、白金、珊瑚、美杜莎、银河和日本蓝等等。
2.伴性遗传：又称为X基因遗传。子代母鱼的两个X染色体，一个来自亲代公鱼，一个来自亲代母鱼；而对于子代公鱼来说，其X染色体来自于亲代母鱼，Y染色体来自于亲代公鱼。如：礼服、草尾、马赛克、蕾丝及素色尾等等。
3.体染色体遗传：遵循孟德尔法则将基因遗传给子代。包含：白子、黄化、蓝化、酒红眼、真红眼、虎斑、马特利和粉红等等。
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