FD的诊断标准如下：
1、上述消化不良的症状在1年中持续4周以上。
2、内镜检查无食管、胃和十二指肠的溃疡、糜烂和肿瘤性病变，也无这类疾病病史。
3、B超、X线、CT、MRI和有关实验室检查排除了肝、胆胰腺疾病。
4、无精神病结缔组织病内分泌和代谢疾病及肾脏病存在。
5、无腹部手术史。
诊断FD患者时，必须除外器质性消化不良，后者经有关检查能显示相关病因如消化性溃疡、糜烂性胃炎、食管炎及恶性疾病等。FD需与下列疾病鉴别
慢性胃炎的症状与体征均很难与FD鉴别。胃镜检查发现胃黏膜明显充血、糜烂或出血，甚至萎缩性改变，则常提示慢性胃炎。
2、消化性溃疡
消化性溃疡的周期性和节律性疼痛也可见于FD患者，X线钡餐发现龛影和胃镜检查观察到溃疡病灶可明确消化性溃疡的诊断。
3、慢性胆囊炎
慢性胆囊炎多与胆结石并存，也可出现上腹饱胀、恶心、嗳气等消化不良症状，腹部B超、口服胆囊造影、CT等影像学检查多能发现胆囊结石和胆囊炎征象可与FD鉴别。
4、其他
FD还需与其他一些继发胃运动障碍疾病，如糖尿病胃轻瘫、胃肠神经肌肉病变相鉴别，通过这些疾病特征性的临床表现与体征一般可作出鉴别。
