网络环境和技术的陌生性，不仅可能使争议当事人对使用电子方式的争议解决程序“望而却步”，而且由于现代在线争议解决方式大多具有“试验性”的性质，其公正性和权威性常常受到人们的质疑。即便是诉讼，尽管出于效率的考虑，各国都在积极推行改革，将网络技术引入到诉讼程序中，如起诉文件和渠道、送达、取证、案件管理等的电子化，但如何在体现效率的同时确保公正，仍是各国担心并不断探讨的问题。
而具体到在线争议解决方式程序问题，体现得尤为明显。以在线调解为例，首先，ODR有时缺乏投诉人与被投诉人间的证据交换机制。一旦进入争议解决程序，调解员或电脑必须在较短时间内得出处理结果，很难组织双方当事人交换证据，投诉人一方一般掌握较被告更多的资源和信息，处于主动地位，而被投诉人则缺乏投诉人的信息，很可能会陷入被动局面。由于缺乏证据，调解的结果自然就会被当事人认为缺乏公信力。
其次，在线争议解决机制有时不得不对投诉人是否享有某项重大财产权作出决定。但调解员一般采取书面审理的方式，根据当事人提供的投诉和答辩材料，作出裁决，因此缺乏一般听证程序中的当事人陈述、相互质证以及辩论等程序。调解员有可能会因此而作出错误判断，影响调解效果。程序问题的公正性不仅影响着案件处理的实体公正，也影响在线争议解决机制自身的生命力。
