公元664年，从印度回到唐朝的玄奘法师，因为夜以继日的翻译佛教经典，身体早已经严重透支，到了这一年，他停了翻译佛经的工作，开始立遗嘱，然后从容圆寂。 圆寂后的唐三藏，他的头骨和舍利子先被安葬在白鹿原，五年后移到“大唐护国兴教寺”。
唐朝末年，战端四起，九州纷乱，兴教寺损毁，五代十国后，赵匡胤建立宋朝，公元988年，南京天禧寺的主持，来到兴教寺找到唐三藏灵骨，千里负骨，回到南京，建塔供奉。从这个时候开始，唐三藏就落土金陵了。
唐三藏的灵骨在宋朝被迁自南京后，被建塔供奉800多年，无论朝代更替，灵骨都安然无恙，直到1856年，清朝咸丰六年，供奉千年灵骨的佛塔，再遭战火摧毁！灵骨再次沦葬一片废墟之中。 七七事变，日寇侵华，半数国土沦丧，战火逼近南京，蒋介石的国民逃窜西川，南京被日本人占领。
1943年3月，日本在南京大动工土，四处修建，俨然一副鸠占鹊巢的丑态！在一个寒冬刺骨的腊月天，日本驻守南京的高官接到了一个紧急请示——在三藏塔遗址处挖掘出一副石棺！这让日本高官兴奋不已，日本人对中国历史最崇拜和敬重的就是唐朝的辉煌。
日本最开始接受的佛教文化，就是玄奘法师翻译的佛教经典，再加上《西游记》在日本的家喻户晓，如果这个石棺和唐三藏有关，那对于日本来说，简直就是如获至宝！ 在辨识了石棺上的文字后，日本人欣喜若狂，马上让人小心翼翼打开了石棺。
一副精雕细琢的黄铜盒子出现在棺内，戴上白手套的日本人把盒子打开，一个完整的头骨让日本人激动得呼吸都快停止——“这是玄奘法师的灵骨！！”这些日本人虽不是考古学者，但他们非常明白眼前的这个头骨可能比日本所有寺庙的珍宝都要值钱和珍贵！
日本人启动了最高保密程序，严重封锁关于唐三藏灵骨的任何消息，马上着手开始偷运日本的计划，但是当时在日本扶持下的汪伪，探听到了灵骨消息，还好汪精卫是天良未泯，知道唐三藏灵骨对中华文化的重要性，而此时，外界也得到了日本人挖掘到灵骨的消息，大批爱国人士严重抗议。
汪精卫派人跟日本军方交涉，日本人面对声势浩大的指责，也有些做贼心虚，辩称是暂时代为保管。 最后，心怀鬼胎的日本人做了一件让人非常心痛的事情！他们竟然把千年完整的灵骨分成三份，两份留在南京，一份送往北平，然后从北平又偷运了一部分到日本，至今供奉在东京增上寺，慈恩寺，奈良药师寺。
