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如何查看编辑DNA测序结果?——Chromas使用全教程

放大字体  缩小字体 发布日期:2018-05-09 13:55:06    作者:微世推-王建    浏览次数:4188
导读

做过分子克隆的同学一定熟悉DNA峰图,Chromas用来查看和编辑DNA的峰形图,图谱文件一般是.ab1或者.scf格式的。本文介绍Chromas软件的全功能教程(其实Chromas的功能很简单,但是非常实用)1 首先我们下载Chromas软件

做过分子克隆的同学一定熟悉DNA峰图,Chromas用来查看和编辑DNA的峰形图,图谱文件一般是.ab1或者.scf格式的。本文介绍Chromas软件的全功能教程(其实Chromas的功能很简单,但是非常实用)


1 首先我们下载Chromas软件,Chromas软件很小,不到1M,并且是免安装版本,下载即用。下载方式见文末。

2 选择File菜单打开一个序列文件,或者直接通过Open打开。


3 一般测序中一个反应大概能测的长度为800左右,由于荧光染料的干扰和机器性能,测序结果在最开始和最后面的时候有几十个碱基不准确,如下图中红框的部分。评判测序结果的时候可以忽略前50个和后50个碱基。


4 我们通过工具栏的缩放工具,可以放大或者缩小整个视图:



通过上图可以看出,不同碱基对应不同的颜色。

5 通过工具栏的“Find'工具,可以查找某个序列:



6 通过“File”菜单栏的Blast Search可以直接连接在线数据库,将序列进行Blast,省去了我们打开NCBI等数据库然后复制序列再比对的麻烦:


点击OK之后出现如下界面,然后点击“View report”即可。


7 Chromas还自带序列翻译蛋白质功能,点击“Options->Show Translations->All”显示三条蛋白质翻译序列。这里之所以显示三条,是因为Chromas不知道你的序列翻译的起始位点,所以如果你的序列是cDNA序列,那么这三条蛋白质序列中总有一条是你想要的,这在我们做蛋白质点突变的时候非常有用。当然如果你的是启动子等其他序列,这个功能是多余的。



8 我们可以将序列导出,并且可以设置导出的间隔、分行、以及是否显示序号,下面的设置中代表每60个碱基一行。


9 当然可能会有同学想说,如果我想把测序峰图放在文章中,我该怎么弄?Chromas没有存储为图片的选项,这时可能有同学就想用截图了,这里Chromas可以存储为PDF格式,在“File”里面选择Print 预览,然后选择PDF即可。


导出来之后就得到PDF格式的峰图了,这是矢量图,可以无限放大。然后通过Photoshop做出所需要的图片。

 
(文/微世推-王建)
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